奥黛丽·赫本生于比利时布鲁塞尔，父亲约瑟夫·维克特·安瑟尼·赫本-鲁斯顿是一位英国银行家，母亲艾拉·凡·赫姆斯特拉是荷兰贵族后裔，袭有男爵的封号，家族谱系甚至可以回溯到英王爱德华三世。赫本的全名原本为“奥黛丽·凯瑟琳·鲁斯顿”，但在二战后，由于她的父亲约瑟夫偶尔发现自己的母系先祖中有“赫本”这个姓氏，于是把自己的姓氏改为了“赫本-鲁斯顿”。因此，为了合乎法律规定，奥黛丽的名字也相应修改为“奥黛丽·凯瑟琳·赫本-鲁斯顿”，一般简称为“奥黛丽·赫本”。

　　赫本六岁开始就读于英国伦敦的贵族寄宿学校(1935年～1938年)，但旋即遇到父母离异，父亲离开了家庭，之后赫本离开英国跟随母亲一起回到荷兰的娘家。1939年时她进入安恒音乐学院(Arnhem Conservatory)学习芭蕾舞，之后二战爆发，宣称中立的荷兰被纳粹占领。当时的身份文件大多为手写，为避免她原本非常英国味道的名字招惹麻烦，她母亲篡改了自己的身份文件替她制造了一个荷兰假名艾达·凡·赫姆斯特拉(Edda van Heemstra，Edda与Ella在字母上只是一笔之差，便于伪造)，但是这个名字从未合法登记过。

　　当纳粹侵占安恒后，由于谣传母亲的家族带有犹太血统，原本十分富裕的男爵家族被视为帝国敌人，不但财产被占领军没收，赫本的舅舅也被抓入集中营，母女俩被迫过着贫困的生活。在战争的饥荒期间，赫本经常靠郁金香球茎以及由烘草做成的“绿色面包”来充饥，并喝大量的水填饱肚子。长期的营养不良促成她日后瘦削的身材。虽然如此，赫本仍然不断锻炼她最爱的芭蕾舞，即使穷到要穿上最难捱的木制舞鞋也没关系。在此期间，赫本曾为荷兰地下游击队秘密工作(包括表演芭蕾舞募集捐款、传递情报等)，为反法西斯战争做出贡献。1944年安恒战役，此时16岁的奥黛丽成为一名志愿护士，战役期间很多盟军伤兵被送到了赫本所在的医院，其中一名受伤的英国伞兵在赫本和其他护士的帮助和照护下康复，这名伞兵就是后来的导演特伦斯·杨，他在1967年执导了赫本主演的《盲女惊魂记》。